El laboratorio de refinación pertenece a la Unidad de Negocios Energéticos, Gerencia de Refinación.
En él se analiza y controla la calidad de todos los productos elaborados por la Refinería, durante el proceso de producción, así como luego de finalizado el mismo y en las Plantas de Distribución de todo el país.
A través del área de Asistencia Comercial de ANCAP se realizan controles de calidad de productos en estaciones de servicio.
También se analizan materias primas (crudos y aditivos), insumos necesarios para llevar a cabo los procesos de refinación, efluentes, productos que se exportan y productos importados. También se realizan análisis a para clientes externos a ANCAP, como organismos oficiales y empresas privadas.
El Laboratorio de Refinación cuenta con Acreditación según ISO-IEC 17025 desde hace 10 años, lo que garantiza su competencia técnica y con ello la calidad de los combustibles producidos por ANCAP.