ANCAP ha realizado variados análisis geoquímicos a muestras provenientes de los pozos estratigráficos, destacándose aquellos orientados a conocer la calidad de las potenciales rocas generadoras de la Cuenca Norte. En ese sentido, la mayor cantidad de análisis geoquímicos (COT, Rock Eval, intensidad de fluorescencia, etc.) se concentran en los pozos Pepe Núñez E1; Pepe Núñez E1b; Cañada del Charrúa E1 y Cañada del Charrúa E2, todos ellos perforados en el Bloque Pepe Núñez.
